Vědecká činnost ústavu se dle zaměření dělí do pěti oblastí působnosti. Jedná se o výzkumné skupiny:
- Aplikovaná environmentální mikrobiologie
- CBRN ochrana a vzorkování životního prostředí
- Inovativní zpracování odpadu
- Udržitelné technologie membránové separace
- Výzkum a odstraňování nových kontaminantů
Pracoviště každé skupiny je dobře přístrojově vybaveno a vedeno velmi odborně kvalifikovaným personálem.