Vědecká činnost ústavu se dle zaměření dělí do pěti oblastí působnosti. Jedná se o pracovní skupiny:
1. Technologie pro ochranu životního prostředí
2. Vzorkování a analýza životního prostředí
3. Toxikologie
4. Ekotoxikologie a environmentální dopady
5. environmentální mikrobiologie
Pracoviště každé skupiny je dobře přístrojově vybaveno a vedeno velmi odborně kvalifikovaným personálem.